怀孕3个月时出现胚胎停止发育的情况比较常见，导致其发生的常见原因包括胚胎因素、母体因素以及父亲的精子质量问题等。如果在孕期发现有不适症状，建议及时到医院就诊，在医生指导下进行处理。
一、胚胎因素
受精卵不健康：当男性和女性生殖细胞存在异常情况时，可影响受精卵的质量，从而导致胚胎停止发育的发生。如男性的精液中存在大量的细菌或支原体感染等情况，或者精液酸性环境过低等因素，都可能会影响精子质量；女性排卵障碍、子宫内膜异位症等问题也会影响到胚胎着床及生长。
二、母亲因素
1.全身性疾病：孕妇本身患有糖尿病、高血压等疾病，会使体内环境发生改变，不利于胎儿生长发育，可能导致胚胎死亡。
2.内分泌失调：由于卵巢黄体功能不足，孕激素分泌相对较少，不足以维持妊娠状态而导致胚胎停止发育。
3.免疫系统问题：部分患者属于易栓人群，即血栓前状态，此时容易形成血栓，而血栓可能会随着血液循环进入到胎盘，进而引起绒毛滋养细胞缺氧坏死，造成胚胎停止发育。
4.子宫异常：常见的宫腔粘连会导致胚胎无法着床，子宫畸形也会使胚胎不能够良好地生长。
5.遗传因素：父母双方染色体微小变异可以累及胚胎，并且进一步发展为早期胚胎停止发育。
6.其他情况：孕妇吸烟、酗酒等原因也可对胚胎产生不良影响，此外还与既往生产史有关，比如既往有过不明原因流产、早产、前置胎盘、胎盘早剥等经历，则有可能会增加再次发生上述风险的概率。